Санкт-Петербургская компания Parseq Lab совместно с ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России создала первую российскую тест-систему, с помощью которой можно выделить полный геном коронавируса нового типа. Разработка дает возможность в режиме реального времени отслеживать трансформации вирусного генотипа. Это, в свою очередь, позволяет создавать вакцины и подбирать лечение уже под измененные вирусные геномы.
В наши дни наиболее точным методом определения наличия в организме коронавируса является ПЦР, метод полимеразной цепной реакции. Высокоспецифичность ПЦР достигнута исключительно благодаря информации, полученной после секвенирования генома SARS-CoV-2 и его расшифровки – сегодня уже можно не только выделять геномы, но и определять в них последовательности нуклеотидов. Это делает секвенирование нового поколения (NGS и MPS) незаменимыми методами изучения изменчивости коронавируса нового типа. Во всем мире сейчас самый распространенный протокол секвенирования – ARTIC Network. Однако при нем покрытие генома коронавируса оказывается неравномерным, что делает таким же неравномерными полученные данные о некоторых участках вирусного генетического материала. К тому же, российским ученым этот международный протокол зачастую недоступен, поскольку требует применения иностранных реагентов, поставку которых нужно ожидать достаточно долго.
Новая российская тест-система VariFind™ SARS-Cov-2 assay, разработанная Parseq Lab, использует совершенно другой набор реагентов и альтернативное программное обеспечение VariFind™ Software, обрабатывающее полученную информацию. Это ПО Parseq Lab раньше использовала для анализа генома человека. Первым пользователем тест-системы стало ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева». Ученые института показали, что VariFind™ SARS-Cov-2 assay дает почти полное, а главное – равномерное покрытие генома вируса. Кроме того, тест-система ускорила работу лаборатории по одновременному анализу образцов – теперь обрабатывать их можно вдвое быстрее.
Андрей Комиссаров, заведующий лабораторией молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России, отмечает: «Тест-система Parseq Lab за счет использования большего количества более коротких ампликонов по сравнению с ARTIC Network позволяет добиться более равномерного покрытия генома. Следует отметить, что на запуск с одним и тем же объемом данных тест-система Parseq Lab позволяет проанализировать больше образцов».
Тест-систему разрабатывали в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов (CoRGI) – это сообщество по инициативе организаций – разработчиков новой тест-системы было созвано летом 2020 года. Консорциум собирает данные из 36 российских регионов, а в дальнейшем планирует передавать полученную информацию в международную базу данных EpiCoV GISAID.
